Αποστολή των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων είναι η εν γένει εκτελεστική και ελεγκτική δραστηριότητα του Κράτους για κρατικές υποθέσεις στην περιοχή ευθύνης τους.

Ειδικότερα, στις Αποκεντρωμένες Διοικήσεις ανήκουν :

• κρατικές υποθέσεις που για συνταγματικούς λόγους δεν μπορούν να μεταφερθούν και διεκπεραιωθούν από την Αυτοδιοίκηση,
• κρατικές αρμοδιότητες που αποκεντρώνονται από την κεντρική διοίκηση, με στόχο τη δημιουργία και ενίσχυση του επιτελικού ρόλου του Κράτους και
• υποθέσεις για τις οποίες κρίνεται σκόπιμη η μεταφορά της καθ’ ύλη αρμοδιότητας των υπηρεσιών των υπουργείων σε αποκεντρωμένες υπηρεσίες.

Οι αρμοδιότητες των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων επικεντρώνονται στους εξής βασικούς πυλώνες πολιτικής:

Α. Περιβαλλοντικής πολιτικής-χωροταξίας-πολεοδομίας:

• αποτελεσματική διαχείριση θεμάτων αγροτικής ανάπτυξης,
• ορθολογική διαχείριση του κρατικού πλούτου των φυσικών πόρων και των ανανεώσιμων πηγών ενέργειας
• προστασία, αξιοποίηση και παρακολούθηση των υδάτινων πόρων,
• ορθή εφαρμογή της πολεοδομικής και περιβαλλοντικής νομοθεσίας και εξειδίκευση  γενικών κατευθύνσεων και  εφαρμογή οδηγιών περιβαλλοντικής, χωροταξικής και πολεοδομικής πολιτικής,
• εργαστηριακός έλεγχος υλικών δημοσίων έργων και εκτέλεση ποιοτικών ελέγχων

Β. Μεταναστευτικής Πολιτικής:

• διαχείριση ζητημάτων νόμιμης εισόδου και νόμιμης διαμονής και εργασίας

Γ. Έλεγχος Νομιμότητας των πράξεων της Αυτοδιοίκησης

• έλεγχος νομιμότητας πράξεων των συλλογικών οργάνων των ΟΤΑ Α’ και Β’ βαθμού, των νομικών τους προσώπων, καθώς και των κοινωφελών επιχειρήσεων, των ΔΕΥΑ και των μονομετοχικών ανωνύμων εταιρειών Ο.Τ.Α..

Δ. Δημόσια Περιουσία – Κρατικός Πλούτος :

• εποπτεία διαδικασιών διοίκησης, εκκαθάριση και διαχείριση των κοινωφελών περιουσιών, σχολαζουσών κληρονομιών, ιδρυμάτων και κληροδοτημάτων

Βασικό πλεονέκτημα των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων αποτελεί η οργανωτική τους δομή, καθώς συνδυάζει τα πλεονεκτήματα τόσο της κάθετης όσο και της οριζόντιας επιτελικής οργάνωσης. Υπάρχει κατανοητή δομή εξουσίας με συγκεκριμένο αριθμό ιεραρχικών επιπέδων, ενώ το κέντρο ενδιαφέροντος κάθε οργανωτικής μονάδας είναι οι διαδικασίες που αυτή ακολουθεί για την παραγωγή διοικητικών πράξεων και την παροχή υπηρεσιών στους πολίτες.

Περαιτέρω, η ιδιαίτερη συνύπαρξη αρμοδιοτήτων πολλών διαφορετικών Υπουργείων  «υπό την ίδια σκέπη» σε συνδυασμό με την ευέλικτη οργανωσιακή τους δομή προσδίδει συγκριτικό πλεονέκτημα στην λειτουργία τους, το οποίο συνίσταται στην:

• Πολύπλευρη συνεργατικότητα μεταξύ των Διευθύνσεων με αξιοποίηση της γνώσης και της εξειδίκευσης των κάθετων δομών για την βελτίωση των παρεχόμενων υπηρεσιών,
• αποτελεσματικότερη αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού, το οποίο δύναται να μετακινείται εύκολα από μία οργανωτική μονάδα σε άλλη αναλόγως με τις εκάστοτε, εξειδικευμένες  υπηρεσιακές ανάγκες  και τις ικανότητες του,
• αποτελεσματικότερη αξιοποίηση των πληροφοριακών συστημάτων και των βάσεων δεδομένων λόγω της απλοποιημένης και ευέλικτης δομής των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων και
• καλύτερη παρακολούθηση των αναγκών και των προβλημάτων που ανακύπτουν από την παροχή των διοικητικών υπηρεσιών στον πολίτη με συνέπεια την ευκολότερη προσαρμογή στις διαφοροποιούμενες απαιτήσεις και τον εντοπισμό των σημείων των διαδικασιών που χρήζουν αλλαγής με απώτερο στόχο την βελτίωση τους.