Στην ΑΔΜ-Θ υφίστανται δύο Διεύθυνσεις Αγροτικών Υποθέσεων  με έδρα τη Θεσσαλονίκη και την Κομοτηνή αντίστοιχα, οι οποίες υπάγονται στην Γενική Διεύθυνση Δασών & Αγροτικών Υποθέσεων της  και συγκροτούνται από τα ακόλουθα Τμήματα:

• Τμήμα Αναδασμού και Εποικισμού
• Τμήμα Γεωργικών Εκμεταλλεύσεων και Αλιείας

Οι αρμοδιότητές τους, μετά την εφαρμογή του Ν. 3852/2010 καθορίζονται και από το Π.Δ. 142/23-12-2010 καθώς και από μετέπειτα εκδοθείσες Υπουργικές Αποφάσεις και οφείλουν να βρίσκονται σε συνεχή συνεργασία με το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης & Τροφίμων, για την καλύτερη αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους και να ακολουθούν τις οδηγίες του.

Τμήματα Αναδασμού και Εποικισμού:

Σύμφωνα με το ΠΔ 138/2010 είναι αρμόδια ιδίως :

• για το συντονισμό των εργασιών αναδασμού – εποικισμού,
• τη συμμετοχή σε επιτροπές που προβλέπονται από την κείμενη νομοθεσία και σε επιτροπές ανάθεσης μελετών στον ιδιωτικό τομέα,
• την επίβλεψη, έλεγχο και παραλαβή εργασιών που ανατίθενται στον ιδιωτικό τομέα,
• καθώς και τη συμμετοχή σε τοπογραφικά συνεργεία για την εκτέλεση εργασιών αναδασμού – εποικισμού

Επίσης σύμφωνα με το Ν. 4061/2012, τις τροποποιήσεις αυτού, αλλά και τις εκδοθείσες εγκυκλίους, ασκούν τις παρακάτω αρμοδιότητες του τομέα Εποικισμού :

• συγκρότηση/συμμετοχή στην Επιτροπή Ελέγχου και Νομιμότητας των άρθρων 17 έως 20, με αρμοδιότητες οι οποίες ορίζονται από το άρθρο 18 του παραπάνω Νόμου
• έλεγχο τήρησης όρων και σκοπού παραχώρησης ακινήτων, κατά κυριότητα, σύμφωνα με το άρθρο 6, του Ν.Δ. 221/1974 (προκειμένου περί εκτάσεων έως 5 στρ., για την ανέγερση σταβλικών εγκαταστάσεων, σε κτηνοτρόφους) και σε περίπτωση μη τήρησης αυτών, σύνταξη Αποφάσεων, με Εισήγηση προς τον Συντονιστή Αποκεντρωμένης Διοίκησης, για την Ανάκληση των αποφάσεων παραχώρησης και την επαναφορά των εν λόγω εκτάσεων στην κυριότητα του Δημοσίου,
• έλεγχο τήρησης όρων και σκοπού παραχώρησης ακινήτων, κατά κυριότητα, σύμφωνα με το άρθρο 123, παράγραφος 10 του Αγροτικού Κώδικα (Α’ 342/1949) και σε περίπτωση μη τήρησης αυτών, σύνταξη Αποφάσεων, με Εισήγηση προς τον Συντονιστή Αποκεντρωμένης Διοίκησης Αποκεντρωμένης Διοίκησης, για την Ανάκληση των αποφάσεων παραχώρησης και την επαναφορά των εν λόγω εκτάσεων στην κυριότητα του Δημοσίου,

Άλλες επιμέρους αρμοδιότητες :

• συμμετοχή στη διαδικασία έγκρισης επέμβασης για γεωργική ή δενδροκομική καλλιέργεια ασκεπών εντός δασών εκτάσεων, περί ων η παράγραφος 1, άρθρου 47 του Νόμου 998/1979 (Α’ 289), βάσει της υπ’ αριθμ. οικ. 133389/6588/2015 Υπουργικής Απόφασης (Β’ 2860).

Τμήματα Γεωργικών Εκμεταλλεύσεων και Αλιείας

Είναι αρμόδια ιδίως:

Α. Την εφαρμογή του Μέτρου 112, ΠΑΑ 2007-2013, Εγκατάσταση Νέων Γεωργών

Νομοθετικό πλαίσιο :

• ΚΥΑ αρ. 704/2008 (ΦΕΚ 2497 Β).

Στόχος του Μέτρου είναι η πληθυσμιακή αναζωογόνηση της υπαίθρου με την εγκατάσταση νέων γεωργών μέσω της παροχής κινήτρων προκειμένου να διευκολυνθεί η αρχική τους εγκατάσταση και η διαρθρωτική προσαρμογή των εκμεταλλεύσεών τους με την υποβολή επιχειρηματικού σχεδίου. Το Μέτρο 112 «Εγκατάσταση Νέων Γεωργών» συγχρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Ένωση, (Ευρωπαϊκό Γεωργικό Ταμείο Αγροτικής Ανάπτυξης «Ε.Γ.Τ.Α.Α.») και το Ελληνικό Δημόσιο.

• Η δεύτερη πρόσκληση για ένταξη στο Μέτρο 112 ανακοινώθηκε το 2014 και ήδη το Πρόγραμμα υλοποιείται στο πλαίσιο των ανειλημμένων υποχρεώσεων στο Μέτρο 6 του ΠΑΑ 2014-2020.

Β. Υδατοκαλλιέργειες

Νομοθετικό πλαίσιο :

• Ν. 4282/2014 (ΦΕΚ 182 Α), Ν. 4014/2011 (ΦΕΚ 209 Α), ΚΥΑ 31722/2011 (ΦΕΚ 2505 Β).

Αρμοδιότητες των Διεύθυνσεων Αγροτικών Υποθέσεων, ως υπηρεσίες μιας στάσης :

• αδειοδότηση και έλεγχος λειτουργίας υδατοκαλλιεργειών.
• εισήγηση για έκδοση αποφάσεων προέγκρισης μίσθωσης θαλάσσιων εκτάσεων για υδατοκαλλιέργειες (ιχθυοκαλλιέργειες και οστρακοκαλλιέργειες) και
• έκδοση αποφάσεων μίσθωσης θαλασσίων εκτάσεων και χορήγησης άδειας λειτουργίας σε υδατοκαλλιέργειες.

Στις Δ/νσεις Αγροτικών Υποθέσεων (Υπηρεσίες μιας στάσης) υποβάλλονται τα αιτήματα των ενδιαφερόμενων φορέων για ίδρυση, μετεγκατάσταση ή επέκταση υδατοκαλλιεργειών. Οι Διευθύνσεις είναι υπεύθυνες για την συνεργασία με τις συναρμόδιες υπηρεσίες, στα πλαίσια του Ν. 4282/2014.

Απαιτούμενα αρχικά δικαιολογητικά :

• αίτηση,
• Τεχνική Έκθεση (υπογεγραμμένη και από Ιχθυολόγο μέλος του ΓΕΩΤΕΕ),
• Τοπογραφικό Διάγραμμα κλίμακας 1:5.000 με αποτυπωμένη τη θαλάσσια έκταση (συντεταγμένες ΕΓΣΑ 87) και τις χρήσεις γης της παράκτιας ζώνης καθώς και τυχόν υφιστάμενες υδατοκαλλιέργειες σε ακτίνα 1000 μ.)

Γ. Επιμέρους αρμοδιότητες:

Εξέταση ενστάσεων κατά αποφάσεων Πρόωρης Συνταξιοδότησης Αγροτών, ΚΥΑ 422/408583/6914/29.11.2000, όπως τροποποιήθηκε με την ΚΥΑ 5562/160320/17.12.2014 στα πλαίσια εφαρμογής του Ε.Κ. 1257/99.